Издательство СО РАН

Издательство СО РАН

Адрес Издательства СО РАН: Россия, 630090, а/я 187
Новосибирск, Морской пр., 2

soran2.gif

Baner_Nauka_Sibiri.jpg


Яндекс.Метрика

Rambler's Top100

Rambler's Top100

Поиск по журналу

Журнал структурной химии

2007 год, номер 4

1.
Исследование ядерной динамики молекулы LaI3. II. Термически средняя геометрия молекулы и среднеквадратичные амплитуды колебаний

Гиричева Н.И., Гиричев Г.В., Смородин С.В.
Ключевые слова: газовая электронография, квантовая химия, молекулярная структура, частоты колебаний, потенциальная функция, ангармоничность, трииодид лантана
Страницы: 643-649
Подраздел: ТЕОРИЯ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ И ХИМИЧЕСКОЙ СВЯЗИ

Аннотация >>
C использованием метода DFT/B3LYP выполнен расчет структурных параметров эффективной rg-конфигурации молекулы LaI3. Показано, что основное различие между рассчитанными значениями re(La—I) и rg(La—I) обусловлено ангармоничностью колебаний n 1 и n 2 и не превышает погрешности определения расстояния rg(La—I) в электронографическом эксперименте. Учет ангармоничности деформационных колебаний n 2 и n 4 приводит к уменьшению величин амплитуды l(I…I) и эффекта сокращения d (I…I) по сравнению с гармоническим приближением. Молекула LaI3 является более жесткой, чем предсказывается на основе расчетов методом B3LYP.


2.
Спектроскопическое вычисление энергии диссоциации связей CH в ряде хлорпроизводных этена, пропена и бензола

Грибов Л.А., Новаков И.А., Павлючко А.И., Васильев Е.В.
Ключевые слова: ангармонический расчет, энергии диссоциации связей, хлорпроизводные, этен, пропен, бензол
Страницы: 650-656
Подраздел: ТЕОРИЯ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ И ХИМИЧЕСКОЙ СВЯЗИ

Аннотация >>
С помощью спектроскопического и квантовохимического методов определена энергия диссоциации связей СН в хлорпроизводных этена, пропена и бензола. Спектроскопические значения энергии диссоциации связей CH рассчитывали на основе фундаментальных полос поглощения в ангармоническом приближении вариационным методом с использованием Морзевско-гармонического базиса. Квантовохимические вычисления производили с использованием 6-311G(3df,3pd)/B3LYP базиса. Проведено обсуждение полученных закономерностей изменения значений энергии диссоциации связи при изменении структуры молекулы.


3.
Спектроскопическое вычисление энергий диссоциации связей CH и OH в альдегидах, кетонах, кислотах и спиртах

Грибов Л.А., Новаков И.А., Павлючко А.И., Шумовский О.Ю.
Ключевые слова: ангармонический расчет, энергии диссоциации связей, альдегиды, кетоны, кислоты, спирты
Страницы: 657-665
Подраздел: ТЕОРИЯ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ И ХИМИЧЕСКОЙ СВЯЗИ

Аннотация >>
Спектроскопическим и квантовохимическим методами определены энергии диссоциации связей СН и OH в альдегидах, кетонах, кислотах и спиртах. Спектроскопические значения энергии диссоциации связей CH и OH рассчитывали на основе фундаментальных полос поглощения в ангармоническом приближении вариационным методом с использованием Морзевско-ангармонического базиса. Квантовохимические вычисления производили с использованием базиса 6-311G(3df,3pd)/B3LYP. Проведено обсуждение полученных закономерностей изменения значений энергии диссоциации связи при изменении структуры молекулы.


4.
DFT Study of the Oxaloacetic acid Condensation – the First Step of the Citric Acid Cycle

Delchev V.B., Delcheva G.T.
Ключевые слова: Acylaton; B3LYP functional; Krebs cycle; Mechanism; Oxaloacetate; Theoretical study
Страницы: 666-673
Подраздел: ТЕОРИЯ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ И ХИМИЧЕСКОЙ СВЯЗИ

Аннотация >>
The mechanism of acylation of oxaloacetic acid (OA) with acetyl—CoA was studied at the DFT level using basis functions 6-311G(d,p) and different numbers of diffuse functions. Four mechanisms were considered in this study. It was found that the most probable mechanism, in the approximation of isolated molecules, starts with the enol forms of oxaloacetic acid and acetylcysteamine (final fragment from acetyl—CoA). The mechanisms were commented from the point of view of their thermodynamics. The calculations and UV/VIS spectroscopic analysis of OA showed that the enol form of the compound is available in ethanol, water and diethylether. The higher stability of the OA enol form (as compared to the ketoform) was also reconfirmed by its experimental IR spectrum. Very high energy barrier of the enolization reaction of OA was calculated.


5.
О механизме процесса переноса протона в имидазоле

Тен Г.Н., Бурова Т.Г., Баранов В.И.
Ключевые слова: имидазол, межмолекулярный и внутримолекулярный механизмы переноса протона, силовые поля, РКР спектры, расчет
Страницы: 674-685
Подраздел: ИССЛЕДОВАНИЕ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ ФИЗИЧЕСКИМИ МЕТОДАМИ

Аннотация >>
Проведен расчет и анализ силовых полей, плоских колебаний и относительных интенсивностей спектров РКР таутомеров имидазола N1Н и N3Н, катиона имидазолия и их модельных структур. Полученные результаты для изолированного состояния имидазола соответствуют механизму внутримолекулярного переноса протона.


6.
Электронографическое и квантовохимическое исследование конформационных свойств молекулы 1,3-бензолдисульфохлорида

Петрова В.Н., Петров В.М., Гиричев Г.В., Оберхаммер Х., Иванов С.Н.
Ключевые слова: 1,3-бензолдисульфохлорида молекулярная структура, конформеры, газовая электронография, квантовая химия, масс-спектрометрия
Страницы: 686-692
Подраздел: ИССЛЕДОВАНИЕ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ ФИЗИЧЕСКИМИ МЕТОДАМИ

Аннотация >>
Выполненo совместное электронографическoe (Т = 394(5) K) и квантовохимическoe (MP2/6-31G**) исследование строения молекулы 1,3-бензолдисульфохлорида (1,3-БДСХ). Установлено, что молекула 1,3-БДСХ имеет два устойчивых конформера, транс (I) и цис (II), с перпендикулярным расположением плоскостей, содержащих связи S—Cl, относительно плоскости бензольного кольца. Энергия конформера I на 0,13 кДж/моль ниже, чем конформера II. Установлено практически полное отсутствие взаимного влияния сульфохлоридных групп, что находит отражение в совпадении длин связей и величин валентных углов в обоих конформерах. Основные структурные параметры конформеров rh1(C—H)ср = 1,103(4), rh1(C—C)ср = 1,401(3), rh1(C—S) = 1,767(4), rh1(S=O) = 1,422(3), rh1(S—Cl) = 2,048(4) Å , ? Cl—S—O = 106,6(2), ? C—S—Cl = 100,4(5), ? O—S—O = 123,2(5)° .


7.
Низкотемпературное исследование ультрадисперсного политетрафторэтилена

Игнатьева Л.Н., Курявый В.Г., Бузник В.М.
Ключевые слова: политетрафторэтилен, ИК спектроскопия, ЭПР спектроскопия, строение, динамика
Страницы: 693-697
Подраздел: ИССЛЕДОВАНИЕ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ ФИЗИЧЕСКИМИ МЕТОДАМИ

Аннотация >>
Изучено температурное поведение ИК и ЭПР спектров промышленного образца политетрафторэтилена марки Ф-4 и ультрадисперсного политетрафторэтилена (УПТФЭ), полученного термогазодинамическим методом. Выявлено сохранение спирально-цепочечной конформации и возрастание упорядоченности в структурах обоих полимеров при понижении температуры. Обнаружено нерегулярное изменение параметров ИК спектров УПТФЭ при 273 K и 233 K, обусловленное перестройкой в кристаллической составляющей полимера. Наблюдаемые температурные изменения спектров ЭПР срединных радикалов в исследуемых образцах вызваны постепенным замораживанием молекулярных движений, происходящим в УПТФЭ на ~ 25° ниже, чем в Ф-4, что связано с различием молекулярного и супрамолекулярного строения исследуемых образцов.


8.
Взаимосвязь между строением молекул аминокислот и дипептидов и тепловым эффектом их сублимации

Баделин В.Г., Тюнина Е.Ю., Гиричев Г.В., Гиричева Н.И., Пелипец О.В.
Ключевые слова: энтальпия сублимации, масс-спектрометрия, аминокислоты, пептиды, структурные параметры, корреляционный анализ
Страницы: 698-704
Подраздел: ИССЛЕДОВАНИЕ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ ФИЗИЧЕСКИМИ МЕТОДАМИ

Аннотация >>
Выполнено масс-спектрометрическое исследование процесса сублимации глицина и DL-аланил-глицина (Ala-gly). На основе обобщения полученных данных и результатов квантовохимических расчетов методом АМ1 определена энтальпия сублимации Ala-gly. Установлена взаимосвязь энтальпии сублимации (D Hsubl), теплоемкости (CР) и суммы длин связей (a nili) в молекулах 17 a -аминокислот и 9 дипептидов. Предложены корреляции для оценки неизвестных значений D Hsubl аминокислот и пептидов.


9.
Полиморфные превращения н-парафинов С26Н54 и С28Н58 как типичных представителей ротационных веществ

Гнатюк И.И., Платонова Н.В., Пучковская Г.А., Котельникова Е.Н., Филатов С.К., Баран Я., Дрозд М.
Ключевые слова: нормальные четные длинноцепочечные н-парафины, фазовые превращения, кристаллическое и ротационно-кристаллические состояния, терморентгенография, ИК спектроскопия, дифференциальная сканирующая калориметрия
Страницы: 705-716
Подраздел: ИССЛЕДОВАНИЕ СТРОЕНИЯ МОЛЕКУЛ ФИЗИЧЕСКИМИ МЕТОДАМИ

Аннотация >>
Изучены термические деформации и полиморфные превращения двух четных длинноцепочечных нормальных парафинов С26Н54 и С28Н58 с использованием методов терморентгенографии (шаг по температуре — десятые доли градуса), инфракрасной спектроскопии (шаг по температуре 1—5° ) и дифференциальной сканирующей калориметрии (шаг по температуре 2° ) в режиме нагревания образца и охлаждения его расплава. Образцы характеризуются высокой степенью гомологической чистоты (99,0 %) и относятся к так называемым ? пограничным? н-парафинам. Исходному образцу н-парафина С26Н54 при комнатной температуре присуща триклинная кристаллическая модификация Tccryst. В случае быстрого охлаждения расплава он кристаллизуется в триклинной Tccryst и однослойной моноклинной 1Mcryst модификациях (двухфазная смесь Tccryst + 1Mcryst). Исходному образцу н-парафина С28Н58 при комнатной температуре присуща двухслойная моноклинная модификация 2Mcryst. В случае кристаллизации из гексана или медленного охлаждения расплава он кристаллизуется в однослойной моноклинной модификации 1Mcryst. Термические деформации и температурные пределы существования кристаллических (Tccryst, 1Mcryst и 2Mcryst), низкотемпературной ротационно-кристаллической ромбической (Orrot.1) и высокотемпературной ротационно-кристаллической гексагональной (Hrot.2) фаз этих н-парафинов оценивали по характеру изменения их дифракционных картин и параметрам элементарной ячейки. Молекулярную структуру и конформационный состав этих н-парафинов в различных фазовых состояниях определяли по их ИК спектрам. Для определения температуры фазовых переходов применяли также дифференциальную сканирующую калориметрию (ДСК). Данные всех трех методов — терморентгенографии, ИК спектроскопии и ДСК — находятся в хорошем согласии друг с другом.


10.
Термодинамика растворения глицина в водном растворе мочевины. Правило √m

Королев В.П., Батов Д.В., Смирнова Н.Л., Кустов А.В.
Ключевые слова: энтальпия, теплоемкость, энтропия и энергия Гиббса растворения, глицин, смешанные растворители, вода, мочевина
Страницы: 717-723
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Калориметрическим методом определены значения теплоты растворения глицина в водном растворе мочевины при 298 K (моляльность 0—13) и 313 K (моляльность 0—22). Теплота растворения аминокислоты описывается линейной зависимостью от квадратного корня из моляльности мочевины. Рассчитаны величины энтальпии, энтропии и энергии Гиббса переноса глицина из воды в водный раствор мочевины, а также значения теплоемкости, изменения энтропии и энергии Гиббса растворения глицина в интервале температур 273—323 K. Обнаружено, что добавки мочевины к воде приводят к смене знака теплоемкости растворения.


11.
Тепловые свойства н-спиртов, бензола и толуола в системах вода – мочевина и вода – этиленгликоль

Королев В.П.
Ключевые слова: водные растворы, неэлектролиты, тепловые свойства, спирты, бензол, толуол
Страницы: 724-730
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Предложены соотношения для расчета тепловых характеристик спиртов, бензола и толуола в водных растворах мочевины и этиленгликоля. Теплота растворения спирта сильнее зависит от концентрации гликоля, а теплоемкость растворения — от концентрации мочевины. Характеристическая температура, при которой теплота растворения спирта равна нулю, для н-бутилового спирта в водном растворе гликоля уменьшается с ростом концентрации гликоля. Зависимость характеристической температуры 1-бутанола от концентрации мочевины имеет максимум.


12.
Single-crystal structure of the Cs2Re6S6Br8 rhenium thio-bromide with acentric Re6 octahedral cluster units

Pilet G., Cordier S., Perrin C., Perrin A.
Ключевые слова: rhenium, octahedral cluster, structure, disorder
Страницы: 731-739
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Cs2Re6S6Br8 (trigonal, a = 10.001(5) Å , c = 14.676(5) Å ) exhibits the same structure as Cs2Mo6Cl8Br6 and Cs2Mo6Br14 that were described in a non-centro- and centrosymmetric space groups, respectively. The structure has been refined in P31c space group from a single crystal of actual composition Cs1.95(1)Re6S5.82(3)Br8.19(3) close to the cesium-rich end of the solid solution Cs2Re6S6Br8 — CsRe6S5Br9. The centrosymmetry is respected by almost all the atoms of the asymmetric unit, but it is clearly broken by significant differences in the S/Br statistical distribution of the disordered ? inner? ligands around the Re6 cluster. Structural refinements from data collected at 100 K revealed that the Cs cation disorder is static. From the structure refinements, the stable isomers of the [Re6S6Br2] and [Re6S5Br3] cluster cores have been unambiguously determined.


13.
Строение тиокарбамидсодержщих диоксиматов кобальта(III) с анионами [BeF4]2– и [BF4]

Малиновский С.Т., Болога О.А., Коропчану Э.Б.,Гданец М., Гэрбэлэу Н.В.
Ключевые слова: кристаллическая структура, диоксиматы Со(III), водородные связи
Страницы: 740-746
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Методом рентгеноструктурного анализа определена кристаллическая структура комплексов [Co(DH)2(Tu)2]2[BeF4]? С2Н5ОН (I) и [Co(DfH)2(Tu)2][BF4]? 0,5Н2О (II) (где DH — моноанион диметилглиоксима, DfH — моноанион a -бензилдиоксима, Tu — тиомочевина). Координационный полиэдр атома Со3+ представляет собой октаэдр N4S2, образованный четырьмя атомами азота молекулы диоксима и двумя атомами серы, принадлежащими фрагментам тиомочевины (Tu), последние реализуются в параллельной и перпендикулярной ориентациях относительно остатка диоксима. Выход атома кобальта из четырехугловой плоскости (образованной атомами азота остатков диметилглиоксима) не превышает 0,019 Å . Расстояния Co—N и Co—S колеблются в пределах от 1,877(3) до 1,901(3) и от 2,280(1) до 2,307(1) Å соответственно. Важную роль в формировании кристалла играют статистически разупорядоченные анионы [BеF4]2– и [BF4], которые оказывают существенную роль в образовании сложной системы водородных связей.


14.
Кристаллические структуры оксалато(этилендиамин-N,N'-диацетато)хроматов(III) кальция и бария, М[Cr(Edda)(C2O4)]2·5H2O (М= Ca, Ва)

Цабель М., Позняк А.Л., Павловский В.И.
Ключевые слова: кристаллическая структура, комплексы хрома(3+), этилендиамин-N,N'-диуксусная кислота, оксалато-лиганды, соли кальция и бария
Страницы: 747-752
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Методом рентгеноструктурного анализа определена кристаллическая структура Ca[Cr(Edda)(C2O4)]2? 5H2O и Ba[Cr(Edda)(C2O4)]2? 5H2O (H2Edda — этилендиамин-N,N? -диуксусная кислота). Ближайшее окружение щелочноземельных ионов состоит из атомов кислорода соседних комплексных ионов [Cr(Edda)(C2O4)] (5 для Са и 4 для Ва) и молекул воды, дополняющих координационное число до восьми. Два атома Са и два комплексных иона связаны друг с другом в цикл, с каждым из атомов Са цикла связан еще один анион посредством мостикового оксалат-иона. В результате этого образуется центросимметричный гексаядерный супрамолекулярный ансамбль. Атомы Ва и комплексные анионы, попеременно чередуясь, образуют бесконечную цепочку, каждый атом Ва цепочки связан дополнительно с одним анионом посредством мостикового оксалат-иона.


15.
Модельные кривые радиального распределения электронной плотности оксидов и гидроксидов алюминия

Мороз Э.М., Зюзин Д.А., Шефер К.И., Исупова Л.А.
Ключевые слова: оксиды и гидроксиды алюминия, метод радиального распределения электронной плотности, высокодисперсные материалы
Страницы: 753-756
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Построены модельные кривые радиального распределения электронной плотности для различных оксидов и гидроксидов алюминия, которые могут быть использованы для уточнения фазового состава и особенностей структуры этих высокодисперсных материалов, применяемых в качестве носителей для катализаторов.


16.
Кристаллическая структура (глицин) нитрата натрия — Gly·NaNO3

Смолин Ю.И., Лапшин А.Е., Панкова Г.А.
Ключевые слова: глицин, нитрат натрия, гибридные соединения, структура
Страницы: 757-759
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Дифракционными методами на монокристалле определена кристаллическая структура Gly? NaNO3 (моноклинная сингония, B11n, a = 14,339(3), b = 9,136(3), c = 5,263(3) Å , g  = 119,14(5)° ). Показано, что структура построена из чередующихся слоев органических молекул глицина и неорганических слоев, которые состоят из ионов Na+ и плоских ионов NO, тянущихся вдоль оси b. В окружении Na, кроме атомов кислорода групп NO, участвуют атомы кислорода молекул глицина. В структуре реализуется система водородных связей.


17.
Zinc(II) complex of the chelating agent EDTA bis(tyrosine)

Fisher A.E.O., Naughton D.P.
Ключевые слова: chelation therapy, decorporation agent, single crystal structure
Страницы: 760-763
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
The synthesis and results of X-ray structural analysis for a novel zinc(II) compound, Zn(O12N4C28H32)? 6H2O, are reported. The compound is triclinic, P1, with unit cell parameters a = 11.0906(3) Å , b = 13.1404(3) Å , c = 14.0725(3) Å ; b  = 89.910(1)° . In contrast to the analogous Cu(II) complex, the unit cell contains two independent molecules of the Zn(II) complex and twelve independent molecules of water.


18.
Crystal structure of lansoprazole sulfone

Swamy G.Y.S.K., Ravikumar K.
Ключевые слова: crystal structure, benzimidazole, X-ray diffraction, hydrogen bonding
Страницы: 764-767
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
The structure of 2-({[3-methyl-4-(2,2,2-trifluoroethoxy)-2-pyridinyl]methyl}sulfonyl)-1H-1,3-benzimidazole, C16H14N3O3F3S, has been solved. The compound belongs to a monoclinic space group (P21/c) with cell parameters a = 8.8693(9), b = 23.369(2), c = 8.6141(8) Å , b  = 104.68(1)° , V = 1727.2(3) Å 3, Z = 4. The final R and wR(F2) values were 0.070 and 0.147, respectively. The title molecule has a ? Z? shape in the crystal structure. The fused benzimidazole moiety and the pyridine ring are nearly coplanar. The molecules are linked by N—H…N and C—H…O hydrogen bonds into chains of edge-fused R(14), R(8), and R(18) rings along the c-axis. The crystal lattice is further strengthened by p —p -stacking interactions.


19.
Кристаллическая и молекулярная структура полиненасыщенного макробициклического кремнеуглеводорода С24Н38Si6

Корлюков А.А., Воронков М.Г., Жилицкая Л.В., Истомина Е.Е., Антипин М.Ю.
Ключевые слова: полиненасыщенные макроциклические кремнеуглеводороды, молекулярная структура, длины эндоциклических связей SiCsp, SiCsp2, SiCsp3
Страницы: 768-771
Подраздел: СТРУКТУРА ЖИДКОСТЕЙ И РАСТВОРОВ

Аннотация >>
Методом РСА изучена кристаллическая и молекулярная структура полиненасыщенного макробициклического кремнеуглеводорода, содержащего эндоциклические связи SiC(sp), SiC(sp2), SiC(sp3) — 1,4,4,7,7,10,13,13,16,16-декаметил-1,4,7,10,13,16-гексасила-бицикло-[8.8.2]-эйкоза-5,14-диен-2,8,11,17-тетраина. Два напряженных двенадцатичленных цикла в этой молекуле имеют различную конформацию — транс-зигзаг и ? скрещенную? . Длины эндоциклических связей SiC(sp) находятся в пределах 1,821—1,852 Å , SiC(sp2) — 1,855—1,874 Å , SiC(sp3) — 1,847—1,853 Å . Структура бицикла расшифрована прямым методом и уточнена полноматричным МНК. Расчеты выполнены с использованием программного комплекса SHELXTL PLUS 5.1.


20.
Количественные характеристики неоднородности структуры воды

Маленков Г.Г.
Ключевые слова: вода, структура, неоднородность, компьютерное моделирование
Страницы: 772-777
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Исследована неоднородность локального окружения молекул в моделях воды, полученных методом молекулярной динамики. Для всех 3456 молекул в независимой периодической ячейке были рассчитаны объем многогранника Вороного (ОМВ), построенного вокруг атома кислорода, индекс тетраэдричности (Т) и потенциальная энергия молекулы (Epot). На основе значений этих параметров молекулы разбивали на два класса: в первый включали молекулы, у которых данный параметр меньше критической величины, во второй — молекулы, у которых значение параметра больше критической величины. Критическую величину (свою для каждой конфигурации) выбирали таким образом, чтобы в каждый класс попало ровно 50 % всех молекул, и исследовали, сколько молекул принадлежит к каждому из этих классов среди четырех ближайших соседей молекул данного сорта. Степень отклонения окружения молекул от рассчитанной для случайного распределения молекул двух сортов может служить мерой неоднородности структуры, проявляющейся в стремлении молекулы быть окруженной себе подобными. Поскольку при комнатной температуре около половины молекул являются донором двух и акцептором двух водородных связей (тип координации a2d2), то аналогичную процедуру можно применить и к типам координации молекул. К молекулам одного класса можно отнести молекулы с координацией a2d2, к другому — все остальные. Ярче всего неоднородность структуры проявляется в распределении молекул с низкими и высокими значениями ОМВ (особенно это относится к окружению молекул с малыми величинами ОМВ). Окружение молекул с высокими значениями Epot и молекул с координацией, отличающейся от a2d2, близко к случайному.


21.
Компактизация ДНК в водных растворах, индуцируемая полилизином и спермидином

Касьяненко Н.А., Дрибинский Б.А.
Ключевые слова: ДНК, компактизация, полилизин, спермидин
Страницы: 778-782
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Методами кругового дихроизма, ультрафиолетовой спектрофотометрии, динамического светорассеяния (ДСР), вискозиметрии и динамического двулучепреломления изучены конформационные свойства молекулы ДНК при комплексообразовании с полилизином (PLL) и спермидином (Spd). Экспериментальные данные свидетельствуют о том, что при соотношении концентраций мономерных остатков полилизина и ДНК, выраженных в молях (N/P), меньше единицы вязкость меняется мало, а при N/P > 1 происходит ее резкое падение до значений, практически совпадающих с вязкостью растворителя. Это сопровождается изменением оптической анизотропии и спектров кругового дихроизма ДНК. Данные, полученные методом ДСР, свидетельствуют, что при N/P >  1 образуются компактные дискретные частицы.


22.
Исследование конформационных изменений молекулы ДНК, вызванных γ–облучением в водно-этанольных растворах большой ионной силы

Пастон С.В., Зырянова И.М., Зайчикова Ю.В., Замотин В.В.
Ключевые слова: конформация ДНК, водно-спиртовые растворы, g -излучение
Страницы: 783-788
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Методами низкоградиентной вискозиметрии, двойного лучепреломления в потоке, кругового дихроизма и УФ-спектрофотометрии изучены конформационные изменения ДНК в водно-этанольных растворах (содержание этанола 0—22 вес. %, ионная сила m = = 0,15 М NaCl), подвергнутых действию g -излучения дозами 10 и 30 Гр. В отличие от водно-спиртовых растворов меньшей ионной силы, в которых наблюдается кооперативное уменьшение удельного объема макромолекулы при критической концентрации спирта, соответствующей нарушению структуры воды (Скр = 16,5 вес. % для этанола), при m = 0,15 М объем интактной ДНК остается неизменным во всем исследованном интервале концентраций спирта. В этих условиях также исчезает обнаруженная ранее для водно-спиртовых растворов с m = 0,003 М NaCl инверсия зависимости удельного объема ДНК от дозы облучения. При m = 0,15 М зависимость Vуд ДНК от Сэт не имеет особенностей при Сэт = Скр, и при Сэт ? 1,7 вес. % объем макромолекулы не меняется при облучении дозами до 40 Гр. Это, по-видимому, объясняется тем, что при больших концентрациях соли спирт перестает влиять на структуру растворителя и его роль в процессе g -облучения ограничивается только его способностью перехватывать активные продукты радиолиза воды.


23.
Исследование структуры водно-солевых растворов ДНК с сульфированным дифталоцианином скандия

Кульвелис Ю.В., Лебедев В.Т., Торок Д., Мельников А.Б.
Ключевые слова: дифталоцианины, ДНК, рассеяние нейтронов
Страницы: 789-795
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Методами малоуглового рассеяния нейтронов, динамического светорассеяния и атомной силовой микроскопии изучено взаимодействие сульфированного дифталоцианина скандия ScPc2(SO3)4(NH4)4 в водно-солевых растворах (NH4Cl) с ДНК. Полученные данные, свидетельствующие о компактизации молекул ДНК, согласуются с результатами, полученными ранее методами вискозиметрии и спектрофотометрии.


24.
Особенности структурообразования оксигидратов тяжелых металлов при малых скоростях формирования гелей

Авдин В.В., Лымарь А.А., Батист А.В., Никитин Е.А., Белканова М.Ю., Потемкин В.А.
Ключевые слова: оксигидраты тяжелых металлов, процессы структурирования, низкая скорость гелеобразования, спиральная упорядоченность, влияние ультрафиолетового и видимого излучения
Страницы: 796-801
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Оксигидратные гели имеют гидрофильную поверхность, поэтому в водной среде претерпевают деструкцию и вторичную полимеризацию. При длительном созревании в водной среде в геле появляются области, имеющие самоподобную спиралевидную упорядоченность. Подобное структурирование наблюдается и при синтезе в условиях, обеспечивающих низкие скорости гелеобразования. Другим средством воздействия на структуру гелей является электромагнитное излучение ультрафиолетового и видимого диапазонов, которое переводит олигомерные частицы в возбужденное состояние и способствует доминированию одного из направлений структурообразования. В работе кратко охарактеризованы результаты компьютерного моделирования гелевых агломератов. Обнаружено, что для оксигидратной системы одним из локальных энергетических минимумов является спиральная упорядоченность. Звенья макроспирали могут находиться под разными углами относительно друг друга и при поглощении энергии менять шаг спирали или порядок расположения ее элементов.


25.
Межмолекулярные водородные связи: сопоставление ассоциатов, существующих в кристаллах и жидкостях

Гринева О.В.
Ключевые слова: межмолекулярные водородные связи, размерность ассоциатов, мольная сжимаемость
Страницы: 802-807
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Для ряда жидкостей (вода, формамид, диолы, алифатические спирты, целлозольвы, кетоны), в которых потенциально возможно существование различных видов H-ассоциатов, измерены значения плотности и скорости звука в широком интервале температур, проанализированы температурные зависимости адиабатической и мольной адиабатической сжимаемости, плотности, мольного объема. Показано, что значения мольной адиабатической сжимаемости позволяют оценить размерность H-ассоциатов, существующих в жидкостях, а значения адиабатической сжимаемости таким свойством не обладают. На нескольких примерах обсуждены условия, определяющие сходство и различие H-ассоциатов в кристаллах и жидкостях.


26.
Квантовотопологический анализ электронной плотности в кристаллах азахалькогененов с ароматическими заместителями

Барташевич E.B., Потемкин В.А., Багрянская И.Ю.
Ключевые слова: азатиены, азахалькогенены, полифторарены, критические точки электронной плотности
Страницы: 808-813
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Проведено теоретическое исследование топологических характеристик электронной плотности (ab initio базис DFT B3LYP/6-311G(d,p)) для молекул и кристаллических структур азахалькогененов с арильными заместителями Ar—S—N=S=N—S—Ar и Ar—Sе—N=S=N—Sе—Ar. Определены характеристики электронной плотности (ЭП) в критических точках (3, –1), отвечающих внутримолекулярным контактам S…S и Se…Se, которые замыкают пятичленные циклы S—N=S=N—S и Sе—N=S=N—Sе. Межмолекулярные взаимодействия в кристаллах описаны с позиции рассмотрения электронной плотности в области сокращенных межмолекулярных контактов S…S, S…N, Se…N, S…Hal, возникающих между парами атомов взаимодействующих молекул.


27.
Низкотемпературные комплексы атомов и димеров европия с цианофенилпиридинами и алкилцианофенилпиридинами

Шабатина Т.И., Власов А.В., Ермилов А.Ю., Конюхов С.В., Немухин А.В., Сергеев Г.Б.
Ключевые слова: молекулярная конденсация, низкотемпературная спектроскопия, комплексы лантаноидов, металломезогенные системы, моделирование DFT/B3LYP
Страницы: 814-822
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Методами ИК-Фурье и УФ-видимой спектроскопии показано образование двух билигандных комплексов разного стехиометрического состава Ln? 2L и 2Ln? 2L (Ln = Eu; L = 4-пентил-4? -цианофенилпиридин) в процессе низкотемпературной соконденсации паров металла и лиганда на охлаждаемые жидким азотом поверхности. Проведено квантовохимическое моделирование равновесных структур моно- и биядерных комплексов европия с незамещенными цианофенилпиридильными и пара-этилцианофенилпири-дильными лигандами и определены их основные геометрические параметры. Найдено, что для моноядерных комплексов наблюдается конкуренция двух механизмов координации атома металла — образование сэндвичевых p -комплексов за счет взаимодействия с p -орбиталями ароматической системы лиганда и s -координация по атомам азота пиридинового кольца. Сэндвичевые структуры биядерных комплексов с 4-этилциано-фенилпиридином стабилизированы за счет межмолекулярных контактов N…H между атомом N цианогруппы и терминальным атомом H этильной группы. Обсуждены величины спектральных сдвигов и относительная термическая стабильность комплексов различной нуклеарности.


28.
Структурные особенности плотных упаковок твердых сфер. Критические плотности

Аникеенко А.В., Медведев Н.Н.
Ключевые слова: твердые сферы, структура неупорядоченных систем, предельная плотность, структура жидкости, структура аморфной фазы, кристаллизация, плотные упаковки твердых сфер
Страницы: 823-830
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Для упаковок одинаковых твердых сфер существует несколько характерных значений плотности. Во-первых, это максимально возможная степень заполнения пространства сферами h = 0,74, реализующаяся при кристаллической укладке сфер. Другое известное значение h = 0,64 является предельным (критическим) для существования неупорядоченной упаковки. Мы указываем еще на два характерных значения плотности h = 0,60 и h = 0,66, в окрестностях которых происходят качественные структурные изменения. Исследованы компьютерные модели упаковок твердых сфер в интервале плотностей 0,52 < h < 0,72. Каждая упаковка состояла из 10 000 сфер в кубе с периодическими граничными условиями. Структурные особенности изучены с помощью симплексов Делоне, характеризующих расположение четырех ближайших атомов. Рассмотрены симплексы, которые близки к правильному тетраэдру или квартоктаэдру (четверти октаэдра). Эти формы характерны для плотнейших кристаллических структур. Изучено изменение доли и соотношения таких симплексов в зависимости от плотности упаковки. Согласно полученным результатам, пороговое значение h = 0,60 соответствует плотности, после которой начинает существенно возрастать скоррелированность в неупорядоченном расположении сфер. При значении h = 0,64 структурная организация меняется более радикально: большие плотности требуют возникновения локальных кристаллических ядер. Плотность h = 0,66 является предельной для существования кристаллических ядер как независимо распределенных областей. Более плотные упаковки возможны только при возникновении в них глобальной кристаллической структуры.


29.
Экспериментальное и квантовохимическое исследование молекул 3-пиридин-7-гидрокси-2 иминокумарина и 3-(2-метилтиазол)-7-гидрокси-2-иминокумарина

Самсонова Л.Г., Селиванов Н.И., Гадиров Р.М., Ищенко В.В., Хиля О.В.
Ключевые слова: иминокумарины, протолитические формы, спектрально-люминесцентные свойства, геометрия молекул, квантовохимические расчеты
Страницы: 831-837
Подраздел: МАТЕРИАЛЫ XIII СИМПОЗИУМА ПО МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОМУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЮ И КОНФОРМАЦИЯМ МОЛЕКУЛ

Аннотация >>
Спектрально-люминесцентные свойства 3-пиридил-7-гидрокси-2-иминокумарина и 3-(2-метилтиазол)-7-гидрокси-2-иминокумарина исследованы в этанольном растворе при различных значениях pH, а также в других растворителях различной химической природы и полярности. Установлено, что в этанольном растворе соединения могут существовать в виде нейтральной молекулы, аниона, катиона и цвиттер-иона. Исследованы спектральные свойства и геометрия всех возможных форм соединений квантовохимическим методом INDO/S.