Издательство СО РАН

Издательство СО РАН

Адрес Издательства СО РАН: Россия, 630090, а/я 187
Новосибирск, Морской пр., 2

soran2.gif

Baner_Nauka_Sibiri.jpg


Яндекс.Метрика

Array
(
    [SESS_AUTH] => Array
        (
            [POLICY] => Array
                (
                    [SESSION_TIMEOUT] => 24
                    [SESSION_IP_MASK] => 0.0.0.0
                    [MAX_STORE_NUM] => 10
                    [STORE_IP_MASK] => 0.0.0.0
                    [STORE_TIMEOUT] => 525600
                    [CHECKWORD_TIMEOUT] => 525600
                    [PASSWORD_LENGTH] => 6
                    [PASSWORD_UPPERCASE] => N
                    [PASSWORD_LOWERCASE] => N
                    [PASSWORD_DIGITS] => N
                    [PASSWORD_PUNCTUATION] => N
                    [LOGIN_ATTEMPTS] => 0
                    [PASSWORD_REQUIREMENTS] => Пароль должен быть не менее 6 символов длиной.
                )

        )

    [SESS_IP] => 35.175.191.36
    [SESS_TIME] => 1628023578
    [BX_SESSION_SIGN] => 9b3eeb12a31176bf2731c6c072271eb6
    [fixed_session_id] => a7865064691cca3fe84af527b3e63003
    [SALE_USER_ID] => 0
    [UNIQUE_KEY] => ea69ee4b2094d4803ae5df428f9a6ed5
    [BX_LOGIN_NEED_CAPTCHA_LOGIN] => Array
        (
            [LOGIN] => 
            [POLICY_ATTEMPTS] => 0
        )

)

Поиск по журналу

Сибирский лесной журнал

2014 год, номер 4

ПРЕДВАРИТЕЛЬНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ ПОЛНОГЕНОМНОГО DE NOVO СЕКВЕНИРОВАНИЯ ЛИСТВЕННИЦЫ СИБИРСКОЙ (LARIX SIBIRICA LEDEB.) И СОСНЫ КЕДРОВОЙ СИБИРСКОЙ (PINUS SIBIRICA DU TOUR)

К.В. Крутовский1,2,3,4, Н.В. Орешкова1,5, Ю.А. Путинцева1, А.А. Ибе1,6, К.О. Дейч1,6, Е.А. Шилкина1,6
1Сибирский федеральный университет, 660036, Красноярск, Академгородок, 50а/2
kkrutovsky@gmail.com
2Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН, 119991, ГСП-1, Москва, ул. Губкина, 3
3Геттингенский университет, Германия, 37077, Геттинген, ул. Бюсгенвег, 2
4Техасский агро-механический университет, США, Техас, 77843, Колледж Стейшн
5Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, 660036, Красноярск, Академгородок, 50/28
oreshkova@ksc.krasn.ru
6Центр защиты леса Красноярского края, 660036, Красноярск, Академгородок, 50а/2
aaibis@mail.ru
Ключевые слова: геном, de novo секвенирование, лиственница сибирская (Larix sibirica Ledeb.), сосна кедровая сибирская (Pinus sibirica Du Tour)
Страницы: 79-83
Подраздел: ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ ДЛЯ ОЦЕНКИ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ГЕТЕРОГЕННОСТИ ПОПУЛЯЦИЙ ОСНОВНЫХ ЛЕСООБРАЗУЮЩИХ ВИДОВ

Аннотация

В результате секвенирования ядерной ДНК сибирской лиственницы (Larix sibirica Ledeb.) и сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) с помощью высокопроизводительного секвенатора Illumina HiSeq2000 и последующей первичной обработки данных для лиственницы получено 2 906 977 265 высококачественных парноконцевых нуклеотидных сиквенсов (чтений) генома и просеквенировано (прочитано) 576 млрд пар нуклеотидных оснований (п. н. о.), что соответствует 48–кратной длине генома лиственницы (48Х покрытие), равного 12.03 млрд п. н. о., а для кедра получено 3 427 566 813 чтений генома (679 млрд п. н. о.), что соответствует 29–кратной длине (29Х покрытие) генома кедра (23.6 млрд п. н. о.). Этих данных пока недостаточно для полной сборки и аннотации данных геномов, но полученные нуклеотидные сиквенсы уже позволили обнаружить и разработать эффективные высокополиморфные молекулярно-генетические маркеры, микросателлитные локусы, необходимые для популяционно-генетических исследований и идентификации происхождения древесины. Также продолжаются исследования однонуклеотидных полиморфизмов (так называемых «снипов»). Кроме того, геномные исследования российских бореальных лесов и связанных с ними фитопатогенов позволят обнаружить биомаркеры для решения важных научных и хозяйственных задач по сохранению лесных генетических ресурсов и селекции более устойчивых к заболеваниям и неблагоприятным факторам среды пород с ускоренным ростом и улучшенной древесиной.