РАЗРАБОТКА МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ МАРКЕРОВ СОСНЫ ОБЫКНОВЕННОЙ С ДЛИННЫМИ МОТИВАМИ НА ОСНОВЕ ПОЛНОГЕНОМНОГО de novo СЕКВЕНИРОВАНИЯ
Н.В. Орешкова1,2,3, Е.И. Бондар1,3, В.В. Шаров1,3, К.В. Крутовский3,4,5,6
1Красноярский научный центр СО РАН, Красноярск, Россия
oreshkova@ksc.krasn.ru
2Красноярский научный центр СО РАН, Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН, Красноярск, Россия
3Сибирский федеральный университет, Красноярск, Россия
bone-post@yandex.ru
4Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Москва, Россия
konstantin.krutovsky@forst.uni-goettingen.de
5Воронежский государственный лесотехнический университет им. Г.Ф. Морозова, Воронеж, Россия
6Гёттингенский университет им. Георга-Августа, Гёттинген, Германия
Ключевые слова: Pinus sylvestris L, генетическое разнообразие, полногеномное секвенирование, гетерозиготность, хвойные, популяционно-генетический анализ, микросателлитные маркеры, SSRs
Страницы: 23-33
Аннотация
Благодаря современным методам полногеномного секвенирования стала возможной разработка большого числа ДНК-маркеров, как селективно-нейтральных, так и функциональных. Наиболее информативными, воспроизводимыми, относительно недорогими и высокополиморфными являются микросателлитные локусы, или SSRs (Simple Sequence Repeats). Полногеномное секвенирование значительно облегчает их поиск и разработку. Статья посвящена разработке новых микросателлитных маркеров для сосны обыкновенной ( Pinus sylvesrtis L.). Из полученной черновой геномной сборки сосны обыкновенной были отобраны несколько тысяч контигов, содержащих микросателлитные локусы с нуклеотидными мотивами. Поиск был специально сфокусирован на локусах с длиной мотива более двух нуклеотидов как наиболее надежных для генотипирования даже в простом гель-электрофорезе. Всего протестировано 39 пар праймеров, из них отобраны 6 локусов с три-, тетра- и пентануклеотидными повторами, показавших высокий уровень полиморфизма, надежное генотипирование. Они были дополнительно протестированы в двух популяциях из Северо-Енисейского и Курагинского районов Красноярского края и сравнены с другими популяциями и наборами маркеров по опубликованным данным. Разработанные маркеры могут быть использованы в различных популяционно-генетических исследованиях и для идентификации происхождения древесины и растительного материала.
DOI: 10.15372/SJFS20250103 |
