К гидродинамической интерпретации процесса укладки О±-спирального белка
В.А. Андрющенко1,2, С.Ф. Чекмарев1,2
1Институт теплофизики им. С.С. Кутателадзе СО РАН, Новосибирск chekmarev@itp.nsc.ru 2Новосибирский государственный университет, Новосибирск
Ключевые слова: О±-спиральный белок, процесс укладки, потоки укладки, турбулентность
Страницы: 979-982
Аннотация
С использованием метода молекулярной динамики проведено моделирование укладки белка в виде α-спиральной шпильки из развернутого состояния в компактное функциональное (нативное) состояние. Процесс укладки интерпретируется как стационарное движение сжимаемой «жидкости укладки». Показано, что плотности потоков укладки подчиняются тем же соотношениям подобия, что и скорости несжимаемой жидкости в классической теории турбулентности Колмогорова, с той разницей, что роль ключевого параметра, представляющего собой скорость изменения кинетической энергии на единицу массы жидкости, играет скорость изменения дисперсии потоков на единицу объема.
|