Издательство СО РАН

Издательство СО РАН

Адрес Издательства СО РАН: Россия, 630090, а/я 187
Новосибирск, Морской пр., 2

soran2.gif

Baner_Nauka_Sibiri.jpg


Яндекс.Метрика

Поиск по журналу

Сибирский научный медицинский журнал

2018 год, номер 3

ПОИСК РЕГУЛЯТОРНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ARE В ГЕНАХ ОСНОВНЫХ РЕГУЛЯТОРОВ АУТОФАГИИ И ЛИЗОСОМАЛЬНОГО БИОГЕНЕЗА TFEB И TFE3

А.В. ЧЕЧУШКОВ, Е.Б. МЕНЬЩИКОВА
НИИ экспериментальной и клинической медицины ФИЦ фундаментальной и трансляционной медицины
achechushkov@gmail.com
Ключевые слова: система Keap1/Nrf2/ARE, лизосомальный биогенез, аутофагия, TFEB, TFE3
Страницы: 5-9
Подраздел: Медико-биологические науки

Аннотация

Главные регуляторы лизосомального биогенеза и аутофагии транскрипционные факторы TFEB и TFE3 контролируют большинство генов белков, участвующих в формировании лизосом, посредством взаимодействия с промоторами этих генов, содержащих регуляторный мотив CLEAR. Их активация строго регулируема и происходит в ответ на нарушение лизосомального гомеостаза и повреждающие воздействия на клетки. Подобные воздействия сопровождаются активацией редокс-процессов и индукцией редокс-чувствительной сигнальной системы Keap1/Nrf2/ARE, главным назначением которой является поддержание внутреннего гомеостаза при апоптоз-индуцирующих, канцерогенных и стрессовых воздействиях. Таким образом, возникает вопрос о наличии регуляторных связей между сигнальными системами Keap1/Nrf2/ARE и TFEB(TFE3)/CLEAR. Для поиска последовательности ARE в генах TFEB и TFE3 была сформирована позиционная матрица на основании описанных в литературе 57 функциональных последовательностей ARE. ARE-подобные последовательности были маркированы в геномном браузере UCSC для анализа эволюционной консервативности, солокализации с различными функциональными модификациями ДНК и хроматина, а также с другими регуляторными элементами. В гене TFEB человека обнаружено 15 ARE-подобных мотивов. Из них последовательность, расположенная в первом интроне, является консервативной среди позвоночных животных. В гене Tfeb мыши также обнаружено 15 ARE-подобных мотивов, один из которых является консервативным, но располагается в экзоне на кодирующей стороне. Гены транскрипционного фактора TFE3 человека и мыши содержат меньше ARE-подобных последовательностей, среди них обращает на себя внимание консервативная среди позвоночных последовательность, расположенная во втором интроне. На основании данных ChIP-seq базы ENCODE проанализирован гистоновый ландшафт в соответствующих областях генома и установлено, что, вероятно, эволюционно консервативный регуляторный элемент ARE, расположенный в энхансерной области гена TFE3, играет функциональную роль.

http://sibmed.net/article/597/snmzh_3-2018_chechushkov_i_dr.pdf

DOI: 10.15372/SSMJ20180301